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内设科室：
办公室、综合科、自然生态土壤科、水环境科、大气环境科、监测与固废科、科技与财务科、生态执法科、宣传教育科、市生态环境局龙山分局、市生态环境局西安分局、市生态环境局开发分局、辽源市环保督查反馈问题整改工作办公室、行政审批办、机关党委。
事业单位及派驻机构：
辽源市生态环境保护综合行政执法支队
辽源市生态环境信息中心
辽源市重点流域污染治理推进服务中心
辽源市生态环境局东丰分局
辽源市生态环境局东辽分局
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