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根据中共中央、国务院批准的北京市人民政府机构改革方案和《北京市人民政府关于机构设置的通知》（京政发〔2009〕2号），设立北京市药品监督管理局（副局级，简称市药监局）。市药监局是负责本市药品、医疗器械、保健食品、化妆品监督管理工作的市政府部门管理机构。
2018年11月，北京市药品监督管理局，作为北京市市场监督管理局的部门管理机构。
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